誰の権利が侵害されているのか？

(1) 我が国において，日の丸，君が代は，明治時代以降，第二次世界大戦終了までの間，皇国思想や軍国主義思想の精神的支柱として用いられてきたことがあることは否定し難い歴史的事実であり，国旗・国歌法により，日の丸，君が代が国旗，国歌と規定された現在においても、なお国民の間で宗教的，政治的にみて日の丸，君が代が価値中立的なものと認められるまでには至っていない状況にあることが認められる。このため，国民の間には，公立学校の入学式，卒業式において，国旗掲揚，国歌斉唱をすることに反対する者も少なからずおり，このような世界観，主義・主張を持つ者の思想・良心の自由も、他者の権利を侵害するなど公共の福祉に反しない限り，憲法上，保護に値する権利というべきである。
http://www7b.biglobe.ne.jp/~yobousoshou/hanketsu.htm

したがって，教職員に対し，一律に，入学式，卒業式等の式典において国歌斉唱の際に国旗に向かって起立し，国歌を斉唱すること，ピアノ伴奏をすることとの義務を課すことは、思想・良心の自由に対する制約になるものと解するのが相当である。　この点に関し，被告らは，本件通達に基づき校長が教職員に対し国歌斉唱を命じ，ピアノ伴奏を命じることは，教職員に対し一定の外部的行為を命じるものであり，当該教職員の内心領域における精神活動までを制約するものではなく，思想，良心の自由を侵害していないと主張する。しかし、人の内心領域の精神的活動は外部的行為と密接な関係を有するものであり，これを切り離して考えることは困難かつ不自然であり，入学式，卒業式等の式典において，国旗に向かって起立したくない，国家を斉唱レたくない，或いは国歌を伴奏したくないという思想，良心を持つ教職員にこれらの行為を命じることは，これらの思想，良心を有する者の自由権を侵害しているというべきであり，上記被告らの主張は採用することができない。（同上）

国歌斉唱義務不存在確認等請求事件 東京地裁判決趣旨　平成１８年９月２１日　は上のように述べている。
1945年８月までの間に日の丸は皇国思想や軍国主義思想の精神的支柱として用いられてきた。
そのため、宗教的，政治的にみて日の丸，君が代を価値中立的なものと認めない国民が多数存在すること。
でそのひとたちの持つ思想・良心の自由も、憲法上，保護に値する権利である、と言っているわけである。

その背景にあるのは、1999年の

国旗及び国歌に関する法律
第一条 　国旗は、日章旗とする。
２ 　日章旗の制式は、別記第一のとおりとする。
第二条 　国歌は、君が代とする。
２ 　君が代の歌詞及び楽曲は、別記第二のとおりとする。（以上全文）

および、
東京都教委からの、平成15年10月23日付け「入学式、卒業式等における国旗掲揚及び国歌斉唱の指導について（通達）」です。
この通達が、ある人たちの思想・良心の自由を侵したものだと、地裁判決は確認したわけである。