内心の自由とは？

教育長の言っていたことで気になったのは、
「内心の自由というのはいつでもあるのですから」という発言。
そりゃ「人を殺せと命じられてそれに従っても、内心には嫌だと思う自由がある」という事態はあるでしょう。
憲法１９条「思想および良心の自由は、これを侵してはならない。」というのは、そういう「自由」を擁護しているのか？